在物理性污染方面，影響因素主要來自農產品生產或收獲過程中操作不規范，不慎在農產品中混入有毒有害雜質，導致農產品受到污染。如在收獲過程，人工或機械混雜在農產品中混入的有毒有害雜質（小麥中混入毒麥等）或石塊沙粒、金屬碎屑等雜質；因延長貯藏期需要而進行的核輻照對農產品放射性污染等。物理性污染是可以通過規范操作加以預防的。
在化學性污染方面，主要是在農業生產過程中，由于不合理使用化學合成物質而對農產品質量安全產生的危害。如禁用農藥的使用，化學肥料、農藥、獸藥、飼料添加劑等的大量施用，或者未合理使用（包括肥料的不合理搭配，農藥、獸藥沒有安全用藥間隔期等），均可能造成有毒有害化學物質在農產品中殘留。工業廢棄物中的有毒有害化學物質，通過污染農田、水源和大氣，也可能最終在農產品中聚集。化學性污染是可以通過標準化生產進行控制的。
在生物性污染方面，主要指自然界中各類生物性污染對農產品質量安全產生的危害。如在流通、貯運、銷售過程中的霉爛、變質，運輸工具、貯藏設備、銷售貨棧等帶來的致病性細菌、病毒以及某些毒素污染。此外，農業轉基因技術可能導致質量安全問題。生物性污染具有較大的不確定性，控制難度大，有些可以通過預防控制，而大多數則需要通過采取綜合治理措施。

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