在物理性污染方面，影響因素主要來自農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)或收獲過程中操作不規(guī)范，不慎在農(nóng)產(chǎn)品中混入有毒有害雜質(zhì)，導(dǎo)致農(nóng)產(chǎn)品受到污染。如在收獲過程，人工或機(jī)械混雜在農(nóng)產(chǎn)品中混入的有毒有害雜質(zhì)（小麥中混入毒麥等）或石塊沙粒、金屬碎屑等雜質(zhì)；因延長貯藏期需要而進(jìn)行的核輻照對農(nóng)產(chǎn)品放射性污染等。物理性污染是可以通過規(guī)范操作加以預(yù)防的。
在化學(xué)性污染方面，主要是在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)過程中，由于不合理使用化學(xué)合成物質(zhì)而對農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全產(chǎn)生的危害。如禁用農(nóng)藥的使用，化學(xué)肥料、農(nóng)藥、獸藥、飼料添加劑等的大量施用，或者未合理使用（包括肥料的不合理搭配，農(nóng)藥、獸藥沒有安全用藥間隔期等），均可能造成有毒有害化學(xué)物質(zhì)在農(nóng)產(chǎn)品中殘留。工業(yè)廢棄物中的有毒有害化學(xué)物質(zhì)，通過污染農(nóng)田、水源和大氣，也可能最終在農(nóng)產(chǎn)品中聚集。化學(xué)性污染是可以通過標(biāo)準(zhǔn)化生產(chǎn)進(jìn)行控制的。
在生物性污染方面，主要指自然界中各類生物性污染對農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全產(chǎn)生的危害。如在流通、貯運(yùn)、銷售過程中的霉?fàn)€、變質(zhì)，運(yùn)輸工具、貯藏設(shè)備、銷售貨棧等帶來的致病性細(xì)菌、病毒以及某些毒素污染。此外，農(nóng)業(yè)轉(zhuǎn)基因技術(shù)可能導(dǎo)致質(zhì)量安全問題。生物性污染具有較大的不確定性，控制難度大，有些可以通過預(yù)防控制，而大多數(shù)則需要通過采取綜合治理措施。

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