1、秸稈的選擇用作微貯飼料的農作物秸稈，應以當年采取的為主，上年的如果未發霉也可適當利用。因特別注意的是，秸稈必須是牲畜能吃的無毒秸稈。
2、秸稈粉碎用作微貯飼料的農作物秸稈，收割后必須曬干貯藏，無霉變。微貯發酵前，所有的原料必須粉碎，其粉碎程度因飼養的畜禽種類而不同。
3、混合發酵菌劑與秸稈粉的比例為250克菌劑發酵1000千克秸稈，但由于有的農戶飼養規模較小，為避免發酵后的飼料因長時間堆放而發霉不能飼喂，大多采取一次發酵100千克的量或在3天內能喂完的量發酵為最好。發酵菌劑投放量也不按秸稈比例縮減，應增加1～2倍。例如發酵100千克秸稈，菌劑投放不是25克，應為50克以上。具體操作方法是：發酵100千克秸稈粉，取50克左右發酵菌劑與1千克麩皮或玉米粉混勻，放入5～10千克清水攪拌均勻，放置30分鐘以上，使其充分溶解。秸稈粉用清水潑灑混合均勻，一般用水量是秸稈粉干重的30%～50%。然后再將發酵菌劑水均勻灑上，混拌均勻。有條件的還可以加入0.5～0.8千克食鹽和1千克生石灰（也溶解在5千克水中灑在秸稈粉上），混合好的秸稈粉用手捏時不滴水為宜，過干或過混都不利于菌體生長。
4、堆貯發酵菌體的生長繁殖氣溫、空氣濕度影響較大，氣溫低于15℃時菌體即處于休眠狀態。因此發酵地點最好選擇溫度稍高的地方和室內，尤其是冬天。選擇平整的水泥地面或磚石地面，先鋪一層薄膜在地面上，再將混合好的原料放在薄膜上堆成圓錐狀或饅頭狀，為防止水分蒸發和熱量散失，可在原料堆表面覆蓋塑料薄膜和干凈的麻袋，用磚頭將原料堆的邊緣薄膜壓實。在微貯料中間溫度達到30～35℃并發出醇香味時進行內外翻堆后繼續發酵，夏季2～4天，冬季3～7天即可。發酵好的合格微貯飼料色澤呈褐色或深褐色，具有弱酸味和醇香味，手感柔軟、松散。如看到少量紅、黃、綠、黑等顏色，手感發粘或結塊，為污染霉變的飼料，必須及時除去，不能飼喂。微貯飼料發酵好后，將覆蓋物揭開，攤開散熱，冷卻后即可飼喂。
5、保存發酵好的飼料可晾干裝袋保存，也可以制作成商品飼料出售，使用時可提前1天加濕，第二天仍有醇香味出現和良好的適口性。