食藥用菌同眾多的農產品一樣都有著各自的最佳成熟期，如采收過早或過晚都會直接影響其產品的品質和產量，因此，適時地科學采收食藥菌品，對于提高其經濟效益起著至關重要的作用。下面就將黑木耳、靈芝、猴頭菌的科學采收與加工方法分別介紹如下，供您在生產中參考、選用。
一、黑木耳
正常管理30天左右，耳片已充分展開，達到生理成熟，即可采收。采收時要將一個菌袋上的所有木耳一次性全部采下，采下的木耳將根部清理干凈后，可攤放于架起的沙網或草簾上晾曬至干。第一茬采收后氣溫如還在20~C左右，可按第一次的管理方法管理，可望采收第二茬。
二、靈芝
靈芝菌柄長出袋口，條件適宜時，很快形成菌蓋。靈芝子實體生長初為白色，后變為黃色，經過2個月－3個月就為紫色、褐色或紅色。當菌蓋邊緣不再生長(邊緣無淡黃色圈)時，菌蓋下端子實層內長出棕紅色孢子時，子實體己成熟，即可采收。采收前應注意收集子實體放出的孢子，以便生產孢子粉。采收時手捏菌柄，輕輕擰下，然后剪去菌柄下端帶有培養基的部分，及時烘干或曬干。
三、猴頭菌
(一)采收
當猴頭子實體長滿刺毛，開始彈射孢子時，要及時采收，過遲會使子實體有苦味。采收的方法，用彎形利刀從柄基割下即可。采割時，菌腳不宜留得過長，太長易于感染雜菌，而且也影響第二茬猴頭菌的生長。但也不能損傷菌料，一般留菌腳lcm左右為宜。
(二)加工
采收的猴頭菌，可以鮮銷，也可曬干、烘干或鹽漬貯存。
1.曬干將采收的鮮猴頭菌，切去菌蒂部分，排放于竹簾上，置烈日下曝曬，先將切面朝上曬一天后，再翻轉過來晾曬至干。
2.烘干將采收的鮮猴頭菌，風干1天－2天后，按大小分別烘烤。烘烤溫度從40℃漸提高到60℃，直至烘干。干品含水量為10％－13％，并要求保持菌刺完整，待冷卻及時分裝于塑料袋密封保藏。
3.鹽漬將采收的新鮮猴頭菌，切去有苦味的菌柄，用清水漂洗，除去灰塵，放入0.1％檸檬酸水中煮沸10分鐘，撈出再放入清水中冷卻。淋水后，加入25％(按猴頭重量)的精鹽，層層加鹽，儲于池中或包裝桶中，7天時倒入池或桶中一次并加足飽和鹽水(即每50公斤水17.5公斤鹽，熬開后冷卻為飽和鹽水)，并有1cm－2cm厚鹽封口。